1. 基盤研究(B)「高速原子間力顕微鏡で明らかにする微小管の構造欠陥によるキネシンの機能変調」（18H01837）(代表) 新規, 2018年4月1日31 - 2020年3月31日, 2018年: ¥6,200,000 (¥1,860,000)
2. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"ソフトクリスタル：高秩序で柔軟な応答系の学理と光機能", 公募研究「高速AFMを基盤としたソフトクリスタルの構造物性ダイナミクス評価技術の確立」（18H04512）(代表) 新規, 2018年4月1日 - 2019年3月31日, 2018年度: ¥2,000,000 (¥600,000)
3. JST-CREST「ATP/GTP が駆動するタンパク質マシナリーの動的構造生命科学」(分担、代表：安藤敏夫) 2018年: ¥3,000,000
4. 特別研究員奨励費「高速原子間力顕微鏡による微小管の自己修復機構の解明と機械特性評価」（17F17701）(外国人特別研究員: GANSER CHRISTIAN) 継続, 2017年4月26日 - 2019年3月31日, 2018年: ¥1,200,000
5. 挑戦的研究(萌芽)「糖鎖の合成と分解過程を可視化する高速AFM/一分子FRET技術の確立」（17K19519）(代表) 新規, 2017年6月30日 - 2019年3月31日, 2018年: ¥2,400,000 (¥720,000)

1. JST-CREST「ATP/GTP が駆動するタンパク質マシナリーの動的構造生命科学」(分担、代表：安藤敏夫) 2017年: ¥3,000,000
2. 特別研究員奨励費「高速原子間力顕微鏡による微小管の自己修復機構の解明と機械特性評価」（17F17701）(外国人特別研究員: GANSER CHRISTIAN) 新規, 2017年4月26日 - 2019年3月31日, 2017年: ¥1,200,000
3. 挑戦的研究(萌芽)「糖鎖の合成と分解過程を可視化する高速AFM/一分子FRET技術の確立」（17K19519）(代表) 新規, 2017年6月30日 - 2019年3月31日, 2017年: ¥2,400,000 (¥720,000)
4. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学", 公募研究「高速AFMで明らかにする真正細菌型イオンポンプロドプシンの多量体構造と機能動態」（16H00830）(代表) 継続, 2016年4月1日 - 2018年3月31日, 2017年度: ¥2,700,000 (¥810,000)
5. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現", 公募研究「高速AFM計測によるKaiタンパク質のロバストな概日周期発生機構の解明」（16H00758）(代表) 継続, 2016年4月1日31 - 2018年3月31日, 2017年: ¥2,500,000 (¥750,000)
6. 基盤研究(B)「温度可変高速AFMの開発と温度依存的ATPaseの構造機能相関の解明」（15H03540）(代表) 継続, 2015年4月1日31 - 2018年3月31日, 2017年: ¥3,000,000 (¥900,000)

1. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学", 公募研究「高速AFMで明らかにする真正細菌型イオンポンプロドプシンの多量体構造と機能動態」（16H00830）(代表) 新規, 2016年4月1日 - 2018年3月31日, 2016年度: ¥2,600,000 (¥780,000)
2. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現", 公募研究「高速AFM計測によるKaiタンパク質のロバストな概日周期発生機構の解明」（16H00758）(代表) 新規, 2016年4月1日31 - 2018年3月31日, 2016年: ¥2,400,000 (¥720,000)
3. 基盤研究(B)「温度可変高速AFMの開発と温度依存的ATPaseの構造機能相関の解明 」（15H03540）(代表) 継続, 2015年4月1日31 - 2018年3月31日, 2016年: ¥4,500,000 (¥1,350,000)

1. 基盤研究(B)「温度可変高速AFMの開発と温度依存的ATPaseの構造機能相関の解明 」（15H03540）(代表) 新規, 2015年4月1日31 - 2018年3月31日, 2015年: ¥5,400,000 (¥1,620,000)
2. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学", 公募研究「高速原子間力顕微鏡を用いた一分子操作と構造ダイナミクス制御」（26104514）(代表) 継続, 2014年4月1日 - 2016年3月31日, 2015年度: ¥2,700,000 (¥810,000)
3. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現", 公募研究「高速AFMを用いたKaiタンパク質の複合体形成過程のダイナミクス観察」（26102515）(代表) 継続, 2014年4月1日 - 2016年3月31日, 2015年度: ¥2,700,000 (¥810,000)
4. 挑戦的萌芽研究「高速AFMによる膜タンパク質の機能動態観察のための中空平面膜基板の開発」（26600052）(代表) 継続, 2014年4月1日 - 2016年3月31日, 2015年度: ¥1,500,000 (¥450,000)
5. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"少数性生物学―個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求―", 計画研究「少数分子生体システムの再構成－複合体構成分子の数の制御と理論検証－」（23115008）(分担, 代表: 今田勝巳) 継続, 2011年4月1日 - 2016年3月31日

1. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学", 公募研究「高速原子間力顕微鏡を用いた一分子操作と構造ダイナミクス制御」(代表) 新規, 2014年4月1日 - 2016年3月31日, 2014年度: ¥2,600,000 (¥780,000)
2. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現", 公募研究「高速AFMを用いたKaiタンパク質の複合体形成過程のダイナミクス観察」(代表) 新規, 2014年4月1日 - 2016年3月31日, 2014年度: ¥2,700,000 (¥810,000)
3. 挑戦的萌芽研究「高速AFMによる膜タンパク質の機能動態観察のための中空平面膜基板の開発」（26600052）(代表) 新規, 2014年4月1日 - 2016年3月31日, 2014年度: ¥1,500,000 (¥450,000)
4. 基盤研究(A)「高速ＡＦＭ／一分子蛍光複合機で明らかにするリング状ＡＴＰａｓｅの協同的構造変化」（24241048）(代表) 継続, 2012年4月1日 - 2015年3月31日, 2014年度: ¥10,800,000 (¥3,240,000)
5. 基盤研究(B)「リニアモータータンパク質糖質加水分解酵素の１ナノメートルステップの１分子計測」（24370062）(分担, 代表: 飯野亮太) 継続, 2012年4月1日 - 2016年3月31日
6. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"少数性生物学―個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求―", 計画研究「少数分子生体システムの再構成－複合体構成分子の数の制御と理論検証－」（23115008）(分担, 代表:今田勝巳) 継続, 2011年4月1日 - 2016年3月31日

1. 基盤研究(A)「高速ＡＦＭ／一分子蛍光複合機で明らかにするリング状ＡＴＰａｓｅの協同的構造変化」（24241048）(代表) 継続, 2012年4月1日 - 2015年3月31日, 2013年度: ¥10,700,000 (¥3,210,000)
2. 基盤研究(B)「リニアモータータンパク質糖質加水分解酵素の１ナノメートルステップの１分子計測」（24370062）(分担, 代表: 飯野亮太) 継続, 2012年4月1日 - 2016年3月31日
3. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"少数性生物学―個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求―", 計画研究「少数分子生体システムの再構成－複合体構成分子の数の制御と理論検証－」（23115008）(分担, 代表:今田勝巳) 継続, 2011年4月1日 - 2016年3月31日

1. 基盤研究(A)「高速ＡＦＭ／一分子蛍光複合機で明らかにするリング状ＡＴＰａｓｅの協同的構造変化」（24241048）(代表) 新規, 2012年4月1日 - 2015年3月31日, 2012年度: ¥14,600,000 (¥4,380,000)
2. 基盤研究(B)「リニアモータータンパク質糖質加水分解酵素の１ナノメートルステップの１分子計測」（24370062）(分担, 代表: 飯野亮太) 新規, 2012年4月1日 - 2016年3月31日
3. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"少数性生物学―個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求―", 計画研究「少数分子生体システムの再構成－複合体構成分子の数の制御と理論検証－」（23115008）(分担, 代表:今田勝巳) 継続, 2011年4月1日 - 2016年3月31日

1. 新学術領域研究(研究領域提案型)　"少数性生物学―個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求―", 計画研究「少数分子生体システムの再構成－複合体構成分子の数の制御と理論検証－」（23115008）(分担, 代表:今田勝巳) 新規, 2011年4月1日 - 2016年3月31日
2. 若手研究(A)「タンパク質の動態と化学反応の同時計測可能な高速原子間力・蛍光顕微鏡の開発」（21681017）(代表) 継続, 2009年4月1日 - 2012年3月31日, 2011年度: ¥3,500,000 (¥1,050,000)

1. 若手研究(A)「タンパク質の動態と化学反応の同時計測可能な高速原子間力・蛍光顕微鏡の開発」（21681017）(代表) 継続, 2009年4月1日 - 2012年3月31日, 2010年度: ¥3,000,000 (¥900,000)
2. 特定領域研究　"膜超分子モ-タ-の革新的ナノサイエンス", 公募研究「高速AFMを用いたATP合成酵素のダイナミクスと機械特性に関する研究」（21023010）(代表) 継続, 2009年4月1日 - 2011年3月31日, 2010年度: ¥2,400,000 (¥0)

1. 若手研究(A)「タンパク質の動態と化学反応の同時計測可能な高速原子間力・蛍光顕微鏡の開発」（21681017）(代表) 新規, 2009年4月1日 - 2012年3月31日, 2009年度: ¥6,800,000 (¥2,040,000)
2. 特定領域研究　"膜超分子モ-タ-の革新的ナノサイエンス" 公募研究「高速AFMを用いたATP合成酵素のダイナミクスと機械特性に関する研究」（21023010）(代表) 新規, 2009年4月1日 - 2011年3月31日, 2009年度: ¥2,000,000 (¥0)

1. 特定領域研究　"膜超分子モ-タ-の革新的ナノサイエンス", 公募研究「膜タンパク質会合過程の高速AFMイメージング」（19042009）(代表) 継続, 2007年4月1日 - 2009年3月31日, 2008年度: ¥3,000,000 (¥0)

1. 特定領域研究　"膜超分子モ-タ-の革新的ナノサイエンス", 公募研究「膜タンパク質会合過程の高速AFMイメージング」（19042009）(代表) 新規, 2007年4月1日 - 2009年3月31日, 2008年度: ¥3,000,000 (¥0)
2. 若手研究(B)「生体分子近傍における水和構造のナノスケール探索」（17710095）(代表) 継続, 2005年4月1日 - 2008年3月31日, 2007年度: ¥800,000 (¥0)

1. 若手研究(B)「生体分子近傍における水和構造のナノスケール探索」（17710095）(代表) 継続, 2005年4月1日 - 2008年3月31日, 2007年度: ¥500,000 (¥0)

1. 若手研究(B)「生体分子近傍における水和構造のナノスケール探索」（17710095）(代表) 新規, 2005年4月1日 - 2008年3月31日, 2007年度: ¥1,900,000 (¥0)

1. 奨励研究(A)→若手研究(B)「原子間力顕微鏡による酸化膜/シリコン界面のトラップ電荷の高分解能観察に関する研究」（13750034）(代表) 継続, 2001年4月1日 - 2003年3月31日, 2002年度: ¥600,000 (¥0)

1. 奨励研究(A)→若手研究(B)「原子間力顕微鏡による酸化膜/シリコン界面のトラップ電荷の高分解能観察に関する研究」（13750034）(代表) 新規, 2001年4月1日 - 2003年3月31日, 2002年度: ¥1,800,000 (¥0)

1. 科学技術振興機構　先端的低炭素化技術開発(ALCA) 「セルロース系バイオマスからの化成品原料と電気の複合生産」(分担, 代表: 五十嵐　圭日子) 20011年 - 2013年
2. 科学技術振興機構　戦略的国際科学技術協力推進事業(SICP) 「高速AFM 法における膜タンパク質のダイナミクス計測」(代表) 2004年 - 2006年
3. 新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)　若手研究グラント 「生体分子の動態と物性分布のビデオレート撮影が可能な高速多機能AFMの開発」(代表) 2004年 - 2006年